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本編でも重要キャラと位置づけられているキャラクターたち。 　 　 　 　 　 　

主人公
カットイン	カットイン
主人公であり、プレイヤーキャラ。 　主人公に選ばなかった側は幼馴染になる。幼馴染については下記参照。 　また、幼馴染とはデザインに差異があり、主人公は帽子を被っている。 　(以下主人公に選んだ時の設定) 　ハツガタウン出身の元気な子供。 　お隣の幼馴染と研究所に向かって歩いている時に、選ぶポケモンを訊かれ、そこでキモリ・アチャモ・ミズゴロウからポケモンを選べる。 　二人が選んだポケモンの鳴き声が研究所からではなく、ハツガ北部の滝あたりから聞こえ、行ってみるとその2匹がチョロネコ(サクハ地方には野生はいない)に襲われているところを目撃。 　襲われているポケモンに指示を出して助け、かけつけたシヨウカ博士からそのポケモンと図鑑をもらう。 　だが、研究所にいた最後の一匹はどこにもおらず、後に謎の少年(ライバル)によって盗まれたことが判明。ポケモンリーグチャンピオンを目指す傍ら、ユート団に対抗もすることに。
幼馴染
カットイン(ヒロト)	カットイン(ミズホ)
名前はそれぞれヒロト、ミズホ。 　主人公(プレイヤー)の幼馴染で、研究所にポケモンをもらいに行くのも一緒。 　主人公が選ぶポケモンが得意とするタイプのポケモンを選ぶ。 　主人公と共闘することも多いが、やや卑屈なところがあり、主人公に対して劣等感を抱いている。 　だが、そんな彼女(彼)を認めないポケモンたちを見て、自分ももっと強くなろう、ポケモンと共に進んでいこうと決意する。 　ヒロトの名前の由来は「ヒーロー」だが、「広い土地」というイメージもある。ミズホは「瑞々しい穂」から。 　ともに広大な地で稲作やってるサクハ地方そのもののイメージ。
ライバル
カットイン
ポケモン研究所から、主人公が選んだポケモンが苦手とするタイプのポケモンを盗む。 　ユート団のボス、ガベラの実の息子。次期ボスであることはほぼ確定しているが、自分がボスになることに反対しているユート団員に納得させるため、サクハチャンピオンを志す。 　ユート団へは父に無理矢理入団させられたというわけではなく、自ら父に志願した。 　絵が上手い。 　デフォルトネームはないが、小説版での名前は「フミヤ」。
シヨウカ博士
ハツガタウンに研究所をかまえる、ハツガ大学准教授。教授のポストは確実だと言われ期待されている。 　ポケモンに関する研究を多角的に行っているが、特にサクハ地方のポケモンの生態系について詳しい。 　年齢は40歳くらい。ラドナとは昔なじみ。 　名前の由来は、“あじさい⇒紫陽花⇒シヨウカ”。“ヨ”にアクセントがつく。フルネームはシヨウカ・ハイド。
カラジ
サクハ地方のポケモンあずかりシステムを担当。 　システム管理はラドナから引きついだ。 　典型的な理系脳で主人公にも協力的。あずかりシステム以外にも便利なものを色々開発している。 　かなり童顔で本人もそのことを気にしている。二十は越えているはず。 　名前の由来は、“カラジューム”。 【手持ちポケモン】 　エネコロロ：かけがえのない「弟」。
ラドナ
カットイン
サクハ地方のポケモンあずかりシステムの旧担当。数年前、弟子のカラジに後をつがせた。 　コータスを連れている、神出鬼没な四十代。 　シヨウカ博士の幼馴染で、サクハ地方のポケモンの保護にも協力。 　名前の由来は“ドラセナ”。 【手持ちポケモン】 　コータス：幼馴染。洞穴に迷い込み、水ポケモンたちに攻撃されていたところをラドナが助けようとしたが、逆に助けられる結果となった。